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利用鼻咽拭子采集呼吸道黏膜表面标本是临床常用操作，可用于评价成人和儿童是否存在呼吸道病毒或细菌感染，鼻咽拭子一般是临床常见操作，对呼吸道感染的诊断有重要意义。
鼻咽拭子采样时拭子的方向必须与上颚平行，拭子的前端必须朝向耳垂方向而不是头顶方向。 如果拭子通过鼻道时有阻力，则需要使拭子后退，改变角度重新进入。
临床采集标本时，大多数初学者将咽拭子前端朝向头顶方向，细菌病毒多寄生于鼻咽底部，因此阳性率明显降低。
鼻咽拭子进入鼻腔的深度相当于鼻尖到耳垂的距离，在实际操作中，咽拭子的前端朝向头顶位置时，咽拭子进入鼻腔的深度明显不足。
鼻咽拭子在进入耳垂方向的过程中遇到阻力时，需要调整方向，使其稍微旋转一下，使其进入鼻腔内，以免强行插入，或者对受试者的鼻腔造成损伤。 停止前进，进行采样，直到到达鼻咽底部感觉撞到了墙壁。 拭子的插入深度应该等于鼻孔到耳朵外开口的距离。 碰壁表明鼻咽拭子到达鼻咽底部，到达鼻咽底部后，应放置鼻咽拭子在鼻咽底部停留10~15秒，使拭子充分接触鼻咽底部分泌物，吸附更多病原体。