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传递窗一般嵌入在洁净墙体中，若墙洞开口尺寸与传递窗不匹配，或水平垂直度控制不当，就容易造成与墙面之间出现不均匀缝隙。即便采用密封胶填补，也可能因厚薄不均或固化不良而形成微小泄漏现象，这些细小缝隙在洁净区运行时，可能会成为气流泄漏的“通道”，导致洁净区压差失衡。
固定不牢
安装时若未采用坚固支架或螺栓固定，传递窗长期使用后容易因震动或门体开关频率高而出现松动，尤其对于带有风淋或自净功能的传递窗，密封性下降可能影响净化效果。
此外在安装时若过度拧紧固定螺丝或强行压入墙体，可能导致传递窗外框轻微变形。门体闭合时可能会出现异响或摩擦阻力增加，长期使用可能会影响设备性能。
结构稳定与使用寿命
不同洁净墙体材质对安装方式要求不同，若未根据墙体结构进行匹配，如在轻质隔墙上直接开孔固定重型不锈钢传递窗，时间久了可能出现墙面变形或开裂、窗体下沉等，导致传递窗无法正常使用。
电线连接不规范
若未按照规定接线和布线，可能会造成线路混接、接头松脱、地不良等问题。当传递窗长时间处于高湿或高温环境中时，线路易氧化、接触电阻增大，可能引发互锁系统失灵，比如两扇门可能同时解锁，造成交叉污染风险。
未进行调试与校准
传递窗安装完毕后，需进行设备闭合检测、互锁响应测试及紫外灯、电机等设备的功能校准，若忽视此步骤，传递窗在正式投入使用后可能出现警报、联锁延迟或运行不稳等现象。
表面平整度不佳
传递窗外框与墙面应保持平齐设计，若安装偏移导致边缘凸出或凹陷，会在打扫时留下缝隙积尘。对于高洁净标准行业而言，这种细微的不平整可能成为污染源。
后期维护成本
如果安装时未预留足够的检修空间或采用不可拆卸结构，更换部件时将变得困难；同时打胶不规范易导致密封胶厚薄不均或边角翘起，在高温高湿环境下问题更为突出，此外安装时未进行设备水平校正，传递窗一旦出现偏移，后续调整将影响整个框体，增加维护成本。